本堂正面の扁額に「円通」と黄檗流の文字が書かれておりますように、大黒寺のもとは円通山長福寺といい、真如法親王（799～865）の開基。真如法親王は平城天皇の第三皇子で空海の（弘法大師）の弟子となった方だといわれております。

江戸時代のはじめの元和元年（1615）薩摩藩主島津義弘公は、島津家の守り本尊である大黒天が薩摩藩邸からほど近い長福寺におられることを知り、その霊言を強く説き、伏見奉行の山口駿河守に懇願して薩摩藩の祈祷所としました。また、出世大黒天を本尊とし、寺の尚大黒寺としました。このように薩摩藩との深いかかわりから大黒寺は薩摩寺の通名で呼ばれるようになりました。

本堂には秘仏大黒天が金張りのお厨子に約24センチほどの小さなお像が安置され、両脇には不動明王と毘沙門天を祀っております。商売繁盛・出世開運など、大黒天のご利益のあらたかな寺として多くの人々に信仰されております。

平成15年、境内に井戸を掘り、大黒天にちなんで「金運清水」と命名。伏見の清酒を仕込む水と同じ水系である清冽な水がこんこんと湧き出し、霊水を求めて多くの人びとが訪れます。

■五福めぐり
： 正月元旦より
■節分祭
： 2月
■護摩御祈祷
： 毎月15日朝7時より
■甲子（御縁日）
：60日に一度 大黒さんのご利益をいただける日
■六大黒めぐり